(auch: Didesoxymethode)
Die hier gezeigte Animation zeigt, was nun in den vier Behältern auf molekularer Ebene passiert:
In jedem Behälter lagern sich die freien Desoxynucleosid-Triphosphate an die DNA-Einzelstränge komplementär an. Dieser Vorgang wird durch die DNA-Polymerase kathalysiert. In der Animation sind die vier verschiedenen Basen abgekürzt mit A,T,G und T.
Wenn sich nicht die rot dargestellten Abbruchnukleoside in den Lösungen befänden, würden in jedem Glas einfach neue DNA-Doppelstränge entstehen. Da jedoch jedes Glas andere Didesoxy-Nucleosidphosphate enthält, wird die Anlagerung der freien Nukleoside im ersten Behälter ausschließlich an Adenin-Basen abgebrochen (Im zweiten Behälter nur an Thymin, im dritten an Guanin und im vierten an Cytosin).
In Folge dessen liegen in jedem Reagenzglas unterschiedlich lange DNA-Stränge vor.
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